2003年这是穆里尼奥波尔图客场被俄罗斯逆转，半决赛雄心渺茫的第一个完整赛季波尔图客场被俄罗斯逆转，半决赛雄心渺茫，波尔图一口气赢下联赛葡萄牙杯和联盟杯波尔图客场被俄罗斯逆转，半决赛雄心渺茫，成为“三冠王” 2004年波尔图成功卫冕波尔图客场被俄罗斯逆转，半决赛雄心渺茫了开云体育官网联赛冠军波尔图客场被俄罗斯逆转，半决赛雄心渺茫，并在5月26日举行的欧洲冠军杯决赛中，3比0完胜摩纳哥队夺冠 2005年1月28日由于在联赛杯半决赛首回合对曼联赛后有偏激言论，穆里尼奥被英足总指控 穆里尼奥登录切尔西 1月30日有。

四组四分之一决赛三个冷门，最后一组波尔图对里昂，两者本就势均力敌，最终波尔图依然是凭借主场的强大表现以及严密的防守，两回合42进入半决赛就此，四强为摩纳哥切尔西那时还不强大波尔图以及拉科鲁尼亚接下来的比赛可说性不多，因为传统豪门已经纷纷出局，剩下的比赛本就谁夺冠都有可能。

0203赛季，frac14决赛，客场13，主场43，总比分56被皇马淘汰 0304赛季，18决赛，客场12，主场11，总比分23被波尔图队淘汰 0405赛季，18决赛，主场01，客场01，总比分02被AC米兰淘汰 0506赛季，小组赛D组，1胜3平2负被淘汰，比利亚雷亚尔和本非卡晋级 0607赛季，半决赛被AC。

北京时间2004年5月27日2时45分德国当地时间26日20时45分，在盖尔森基兴傲赴沙尔克球场开始的第49届冠军杯决赛中，波尔图3比0完胜摩纳哥，继1987年之后再次问鼎冠军杯，同时成为上世纪70年代利物浦之后首支2年内连夺联盟杯与冠军杯的球队门将巴亚成为历史上第11位欧洲三大杯荣誉集于一身的球员上半。

1月28日由于在联赛杯半决赛首回合对曼联赛后有偏激言论，被足协指控1月30日一份媒体披露，穆里尼奥肯扬和阿什利·科尔在皇家公园酒店秘密碰头，这样的接触，由于涉及到夏季转会，而被视为非法，随后的一周里整个英超都陷入了互相大调查的气氛中2月23日欧冠8强战，客场1比2负巴塞罗那，德罗巴红牌离场。